Но трябвало да изминат цели 20 години, за да могат ранните  ѝ филми да видят бял свят. За гоненията, на които била подложена, може да се напише цяла „Одисея” или да се заснеме телевизионен сериал (над нея дълго време висяла присъдата за „професионална непригодност”, поради което не ѝ давали да снима), но Муратова винаги се е стремяла да игнорира синдрома на мъченица, който мнозина други биха капитализирали охотно след падането на комунизма.
За Кира Муратова се смята, че прави особено кино, което „не е за всички”. Да, наистина, тя е сред най-ярките представители на сериозното, философско кино. Нейните творби са предназначени за тези, които те само умеят, но и обичат да мислят. Авторският почерк на Кира Муратова се проявява в специфичния подбор на интересни човешки характери и съдби. Отличителен белег на нейната киноестетика е представянето на "мисълта като страст". Съвременните ѝ театрализирани кинофантазии са чувствено-съкровени, смело устремени към опознаване на човека и света. 
Първите ѝ самостоятелни филми са прочути днес, но навремето са имали трудна съдба, заради сериозния конфликт на Муратова с цензурата в Москва. 
"Кратки срещи" (Короткие встречи, 1968) си спечелил скандална репутация, макар, че нищо скандално от днешна гледна точка, нямало в него. Но строгите партийни цензори го набедили, че противопоставя интелигенцията на народа. А в онези времена това е смятано за крайно недопустимо. И само благодарение на застъпничеството на големия режисьор Сергей Герасимов, филмът бил завършен. До екраните в бившия Съветски съюз обаче е допуснат много години по-късно - чак в средата на 80-те по време на т.нар. перестройка.
Подобна била ѝ съдбата на следващия филм на Кира Муратова „Дълго изпращане” (Долгие проводы), заснет през 1971 година, но излязъл със 17-годишно забавяне, отново заради намесата на идеологическата цензура.
Психологическата искреност в тези два филма дръзко дискредитира господстващата по онова време социалистическа кинопатетика, което е причина за низвергването на Муратова като "мелодраматичен" и „чуждопоклоннически” режисьор. 
Тя е създала още няколко забележителни творби: „Промяна на участта” (Перемена участи, 1987), отличеният със Специалната награда на журито в Берлинале „Астеничен синдром” (Астенический синдром, 1990), "Три истории" (1997), „Чеховски мотиви” (2002), „Акордьорът” (2005) и през последните години - "Мелодия за шарманка" (Мелодия для шарманки, 2009) и "Вечното завръщане" (Вечное возвращение, 2012). 
Филмът "Три истории", например, е доста интересно явление в новото руско кино. В литературата неговият аналог е творчеството на шокиращия и абсурден Даниил Хармс. В този филм на Муратова се говори за злото и за престъплението като за нещо нормално. Той е своебразно продължение на нейните оригинални търсения в киното. В него тя остава вярна на аскетичния си стил, освободен от каквото и да било кокетничене с вкусовете на масовата публика. Сюжетите на трите новели никак не се вписват в канона на приятното филмово "четиво". Но колко болка има в тях и колко много истина за оскотяването на хората в условията на посткомунистическата действителност!
Големият руски и американски изследовател на киното Михаил Ямполски смята за връх в творчеството на Кира Муратова нейния филм "Астеничен синдром" (1989), който, макар и да излиза по време на прословутата Горбачова перестройка, предизвиква скандал, в който е въвлечена и цензурата.

Нажежаването на страстите било предизвикано от кратка сцена, в която някаква жена дълго и отчетливо псува. Само след няколко години тя не би предизвикала и най-малък интерес, но в момента на заснемането излиза дори извън широките граници на допустимото. "Защо? - пита Ямполски, който се опитва да обясни нейното значение. "Нецензурната реч, – пише той - толкова обичаен елемент от нашето нерадостно ежедневие – напоследък доста широко проникна в печатните медии. Отвоюва си и правото на гражданство в киното. Но именно във филма на Муратова предизвиква особено остра реакция на съпротива. Дори известната със своя либерализъм комисия на Съюза на кинодейците отказа да защитава скандалния епизод в „Астеничен синдром”. Нещата явно не са просто в нецензурната реч, а в това как тя е представена във филма. В сцената са шокиращи няколко детайла. На първо място това, че псувните излизат от женска уста. На второ - това, че псуващата жена е обърната с лице към камерата и насочва своя „речеви“ поток директно към зрителя. Подобно решение е особено неприемливо на фона на съществуващите табута. Псувните нямат шокиращ ефект там, където са сякаш непреднамерени и са насочени към героите от филма, а не към публиката. Муратова изгражда скандалната сцена така, че да бъдат премахнати всички психологически амортисьори, в резултат на което получава това, което като че ли е планирала отрано – болезнено неприемане, бурна негативна реакция." [2]  

В "Астеничен синдром" (1989), който представя може би най-отчетливо духът на времето,  Муратова си позволява за пръв път нещо наподобяващо пряко публицистично изказване.  Впрочем, и тук медицинската диагноза в заглавието не е високомерна присъда над умиращата съветска държава, а просто клинична картина. Този филм е хладнокръвно наблюдение върху поведението на естествения човек в граничното състояние на тревожна перестроечна неопределеност [3].

За Кира Муратова киникритиците пишат, че от "Астеничен синдром" до последния си филм виртуозно развива стила на соцарта - като своеобразна пародия на соцреализма. 
В нейните филми са дебютирали такива актьорски таланти, като Владимир Висоцки, Зинаида Шарко, Нина Русланова, Рената Литвинова. Въпреки цензурните ограничения, с които се сблъскват не само по времето на комунистическия режим в Съветския съюз, но и впоследствие, те са отличавани с немалко престижни фестивални награди. 
В своя последен филм "Вечното завръщане", излязъл по екраните през есента на 2012 година, Кира Муратова поставя ребром немалко безпощадни въпроси. Защо да се канят на снимки прочути актьори, ако на фона на останалите играта им изглежда маниерна и предвзета? Защо да се снимат филми за любовта, след като обикновено лелеем само своето его и сме абсолютно глухи за мненията на другите? Защо въобще да се занимаваме с производство на филми, ако то безвъзвратно е поставено на комерсиални релси? "Вечното завръщане" е безпощадно обвинение към киноизкуството, което напомня за присъдата, издадена от Малевич над живописта, с легендарната му творба "Черният квадрат". [4] Във връзка с този безподобен филм руската критика написа, че отказвайки се от символиката и подтекста, Муратова накрая стига до извода, че животът е напълно безсмислен, което означава, че същото важи и за филмите. Нейната нихилистична позиция е изразена най-точно от един от персонажите във "Вечното завръщане" чрез следния афоризъм: "Животът не е кратък, но ужасен и краен". И това въобще не звучи като присъда, а просто като констатация на факт.

Преди 8 години Кира Муратова дава едно от редките си интервюта, в което разяснява някои особености на своите скандални филми, отхвърляйки категорично широко разпространеното мнение, че провокацията е отличителният белег на цялото ѝ творчество. 

По повод на нейния полурумънски и полуруски произход, известният руски критик Андрей Плахов припомня един анекдот за човек, който се родил някъде между Карпатска Галиция и Буковина. След неговата смърт на гроба му пишело: "Роди се в Румъния, учи в Унгария, ожени се в Чехословакия, работи в Украйна, умря в Русия". Мнозина не сдържали своята възхита от този толкова богат живот, наситен с невероятни пътешествия, според тях. Но те не знаели, че този човек всъщност, никога не е напускал родното си село". 

Нещо подобно се случва и с Кира Муратова, която почти през целия си живот не е напускала родната си Украйна и до края на живота си остана вярна на любимата си Одеса. И заедно с Роман Балаян е смятана, не без основание, за най-значимият украински кинорежисьор! 

Задълбочен анализ на нейните филми може да прочетете в статията на Михаил Ямполски, включена в излязлата през 2014-а негова книга в превод на български език "Език- тяло-случай. Киното и търсенето на смисъла".