През 1952 г. Параджанов завърша режисьорския факултет на ВГИК в Масква. Дипломната му работа е късометражката „Молдавска приказка“.

Дебютира в игралното кино с филма „Андриеш“, заснет в Молдавската киностудия, където създава поредица от документални и научно-популярни филми като „Наталия Ужвий“, „Думка“, „Золотые руки“.
В киностудията „Довженко“ в Киев снима три игрални филма – „Первый парен“ (1958), „Украинская рапсодия“ (1961) и „Цветок на камне“ (1962) преди да предизвика истински фурор със „Сенките на забравените прадеди“, който излиза през 1965 г. и му носи световна известност.

Не само този филм, но и „Цвят на нар“ (1968), „Легенда за Сурамската крепост“ (1986) и „Ашик Кериб“ (1988) със своята оригинална кинематографична изразителност нямат аналог в световното кино. Преди две години са намерени някои от съкратените от цензурата сцениот "Цвят на нар".  

Не се знае как би се развил уникалният талант на този самобитен кинематографист, ако след „Цвят на нар“ не бе лишен от възможността да снима филми в продължение на цели 15 години. През 1974 г. дори го арестуват и лежи в затвора три години по скалъпено обвинение в хомосексуализъм.

Излиза на свобода, благодарение и на писменото застъпничество на няколко от най-прочутите световни кинорежисьори в онези години, като Франсоа Трюффо, Жан-Люк Годар, Федерико Фелини, Лукино Висконти, Роберто Роселини, Микеланджело Антониони, Андрей Тарковски, както и на френския поет Луи Арагон. 
В писмо, изпратено до Генералния секретар на ЦК КПСС Леонид Брежнев те настояват за предсрочното освобождение на Параджанов.
Неговият последен завършен филм е „Ашик Кериб“, заснет през 1988 г. Сергей Параджанов умира от рак на белите дробове на 21 юли 1990г. в Ереван без да успее да завърши последния си филм "Изповед" (1990).

Филмовото творчество на Параджанов е пропито с многообразието на арменската, грузинската, руската и украинската култури. Това е кино, което не признава никакви граници.

Неговата естетика, която е сякаш извън времето, говори на универсалния език на вечната красота и поезия, слети в едно. И макар че творчеството му е посветено на вечните теми за всяко истинско изкуство, много от филмите на Параджанов звучат напълно съвременно.

Параджанов е сред малцината знаменити кинорежисьори, създали филми, в които се сливат органично кинематографичното и изобразителното изкуство, смесват се жанровете и стиловете по начин, който силно удивлява и днес.

Неговите филми продължават да поразяват онази част от любителите на киното, които никога не са преставали да вярват в художествената мисия на киноизкуството.

Но най-много са почитателите на Сергей Параджанов сред самите кинематографисти. Така например, според Жан-Люк Годар той е създал истински храм на киното от образи, светлина и истина.

Неотдавна френският режисьор и актьор от арменски произход Серж Аведикян, спечелил през 2010 г. "Златна палма" в Кан за късометражно кино (Chienne d'histoire), засне биографичен игрален филм за Параджанов, който бе представен на 18-ия София Филм Фест миналата година. В него ролята на великия режисьор изпълнява самият Аведикян. 
Вижте тук откъс от портрета на Параджанов, включен в епизод от моето тв-предаване „Другото кино“, излъчен през есента на 2008г. по VTV.